Odvážní hrdinové se vydávají do neznámých prostor, aby porazili mocnou příšeru známou jako Ender Dragon. Po její porážce ale nenastane klid a svět ohrožuje nová hrozba. Z této předlohy čerpá celý děj hry a díky tomu, že Minecraft je sandboxový titul bez příběhu, rozmohli se vývojáři ve své fantasii.

Příběh je dán na typickém motivu, kdy si zkušení hrdinové už neví rady a zachránit je mají noví osudem neomlácení zelenáči. Po porážce Ender Dragona by se sice dalo očekávat, že vypukne klid a mír. Bohužel v Minecraftovém světě právě naopak vypukne ještě větší chaos a nesnáze než kdykoli předtím. Hrdinové jsou v koncích a situaci máte zachránit vy.

Sami vývojáři prohlašují, že Minecraft: Story Mode nemá být oficiálním příběhem Minecraftu. Studio Telltale se zkrátka snaží vytvořit zábavnou hru, nesoucí se v jeho duchu, posadili však do ní své vlastní myšlenky a vytvořili svůj vlastní fungující svět. Bylo by tedy předčasné myslet si, že celý svět bude zničen jen proto, že v Minecraftu je základem světa prázdná nelidnatá pustina. Ať se ale děje cokoli, nebudou to mít místní obyvatelé snadné.

Minecraft: Story Mode bude vycházet, tak jak to mají vývojáři z Telltale ve zvyku, po epizodách. První epizoda vyjde již 13. října na všech platformách, na kterých se Minecraft ukázal, tedy na PC (s operačními systémy Mac, Linux a Windows), obou Xboxech a Playstationech + PS VITA a zařízeních se systémem iOS a Android